Il Santuario della Madonna di Caravaggio sorge all’inizio del Paese di San Pellegrino. Promotore della costruzione di questa chiesa è stato Don Antonio Bertoletti da Caprino.
All’inizio del 1700 si pensa infatti di ingrandire il precedente Oratorio di San Marco, creando una chiesa che fosse dedicata alla Madonna di Caravaggio e a San Marco Evangelista. La chiesa è pronta nel 1714 e l’oratorio viene incorporato in essa.
Nel 1887 alla chiesa sono aggiunte le due navate e il porticato esterno e in seguito si effettuano due restauri, uno nel 1932 e uno nel 1966.
Quello di Caravaggio è il santuario più caro ai sampellegrinesi, i quali, nei momenti più tragici della loro storia, si sono rivolti con devozione a Maria per invocare protezione e difesa. Ciò che rende più noto il santuario è senza dubbio il voto che la popolazione ha fatto alla Madonna durante la Seconda Guerra Mondiale, affinché San Pellegrino venisse risparmiato dai bombardamenti.
Dal 9 al 16 luglio del 1944 viene indetta una settimana di preghiera in cui ogni sera tantissima gente si riunisce con devozione nel santuario. È in una di queste sere che il parroco Don Dossi insieme alla comunità promette che, se la Vergine Santissima avesse preservato il paese dalle tragedie della guerra, i sampellegrinesi avrebbero stabilito una festa annua in suo onore per la riconoscenza di questa protezione.
Da allora il 26 maggio di ogni anno si celebra la festa della Madonna di Caravaggio, patrona del paese insieme a San Pellegrino Vescovo e Martire.